Ontmoeting is opgericht in 1988 door een groep predikanten die geraakt werd door het lijden van de dakloze medemensen in de stad.
Na een periode van fondsenwerving en het zoeken naar een geschikte locatie kan in 1991 een pand aangekocht worden aan de ’s Gravendijkwal in Rotterdam. Met de opening van dit dienstencentrum is de eerste opvangvoorziening van Ontmoeting een feit. Het is een laagdrempelig dienstencentrum waar opvang, activering en begeleiding wordt aangeboden.
Als tweede locatie volgt Epe in 1994. In dit woon-werkcentrum worden ex-gedetineerde mannen zonder vaste woon- of verblijfplaats begeleid bij hun maatschappelijke integratie.
In 1999 krijgt Ontmoeting het CBF keurmerk voor goede doelen.
In 2006 wordt de hulpverlening uitgebreid met twee nieuwe voorzieningen: een dienstencentrum in Harderwijk, en een time-outvoorziening in samenwerking met Het Passion in Hummelo. De samenwerking met Het Passion is medio 2016 beëindigd in verband met de steeds grotere inspanning die het vroeg om de financiering rond te krijgen.
In 2007 opent in Hoek van Holland een sociaal pension de deuren, een 24-uursvoorziening waar acht kwetsbare mensen kunnen verblijven die moeite hebben met zelfstandig wonen.
Om ook mensen te kunnen ondersteunen die wel een dak boven hun hoofd hebben, maar nauwelijks een sociaal netwerk, start in 2008 een pilot Ontmoetingnetwerken.
In 2009 wordt op Goeree Overflakkee het groeiende aantal zwerfjongeren actief opgezocht door een veldwerker op een motor.
Vanaf 2011 gaat Ontmoeting werken vanuit Thuishavens in Rotterdam. In de wijken Kralingen, Delfshaven en Hoek van Holland krijgen cliënten ondersteuning vanuit een nabijgelegen wijksteunpunt. Die dienstverlening wordt in 2015 uitgebreid met Thuishavens in Centrum en Charlois.
In 2012 fuseert Ontmoeting met Nehemia Zorg in Heerhugowaard.