Ontmoeting heeft een bestuurs- en toezichthoudende structuur. Dit model bestaat uit een raad van toezicht en een raad van bestuur.
De raad van toezicht houdt integraal toezicht op het beleid van de raad van bestuur (directeur-bestuurder) en op de algemene gang van zaken binnen Ontmoeting. De raad van toezicht staat de raad van bestuur ter zijde en bestaat uit de volgende personen: dhr. N. Gerritsen, mw. W.F. de Groot – van Saane, G.J. Heijboer RA, dhr. J.M. Schalk MSc en Prof.dr. M.J. Kater (voorzitter). De beleidsvoorbereiding en -uitvoering, met handhaving van de eigen verantwoordelijkheid van de directeur-bestuurder, is gedelegeerd aan de directeur-bestuurder.
Ontmoeting heeft een eenhoofdige raad van bestuur: Gerard Stoop, die de functienaam directeur-bestuurder heeft. Hij geeft leiding aan de stichting en draagt integraal de eindverantwoordelijkheid. De uitvoerende werkorganisatie bestaat uit een manager Bedrijfsvoering, een manager Forensische Zorg en managers Maatschappelijke Opvang. De directeur-bestuurder vormt samen met de managers het managementteam. Het toezichthoudend orgaan is de raad van toezicht. De cliëntenraad en de ondernemingsraad dienen de directeur-bestuurder van advies.
De ondernemingsraad bestaat uit zeven leden . Er wordt gestreefd naar een vertegenwoordiging van medewerkers vanuit alle locaties. De ondernemingsraad overlegt maandelijks met de directeur-bestuurder. Bij ingrijpende plannen brengt de ondernemingsraad de consequenties daarvan voor het personeel onder de aandacht.